Jejich vznik souvisí s existencí univerzity. Studiu "generale" (univerzitnímu) předcházelo studium "partikulare" (částečné) na latinských školách, které byly městské, klášterní nebo biskupské. Díky Karlu IV. máme nejen nejstarší univerzitu ve střední Evropě, ale i nejstarší městské latinské školy.

V roce 1636 založil řád Tovaryšstva Ježíšova v Hradci Králové jezuitskou kolej — gymnázium. Byla vybudována na Velkém náměstí na místě devíti měšťanských domů, z nichž jeden byl rodným domem Bohuslava Balbína.

V těchto letech prošlo hradecké gymnázium řadou organizačních změn. V roce 1777 se stalo pětitřídním, k původním šesti třídám (z dnešního pohledu ročníkům) se vrátilo v roce 1818. Nižší gymnázium bylo čtyřleté – třídám se říkalo gramatikální, vyšší mělo dvě třídy, nazývané humanitní.